Вопрос
Как хранятся и передаются с хранилища на сервер Indeed-Id аутентификаторы для сравнения с поступившими от клиента?

Ответ
Вся информация шифруется и подписывается от изменений (CryptoAPI). Все что пишется в хранилище – пишется в виде защищенных капсул. Все что читается из хранилища – читается в виде защищенных капсул. Шифрование и расшифровка капсул происходит строго на борту сервера Indeed (архитектурно возможно на борту подключенного аппаратного ключа, например Aladdin eToken)