Вопрос:
После закрытия основного приложения, сессия Citrix не закрывается, в ней продолжают работать процессы Indeed-Id (например: IndeedID.SSO.hook.host.holder.x64.exe и IndeedID.SSO.agent.exe). Как разрешить Citrix завершать сессию, если в ней работают только процессы Indeed-Id, а основное окно приложения закрыто?

Ответ:
1. Определите, какие именно процессы Indeed-Id мешают закрытию сессии, поочерёдно завершая процессы в сессии Citrix вручную, пока сессия не закроется. 
2. Добавьте полученные исполняемые файлы Indeed-Id в список исключений LogoffCheckSysModules на Citrix сервере, используя эту статью.

Пример:

HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Citrix\wfshell\TWI
Value Name:LogoffCheckSysModules
Type:REG_SZ
String:IndeedID.SSO.hook.host.holder.x64.exe,IndeedID.SSO.agent.exe

Если после этого сессия всё еще не закрывается, то повторите первый шаг еще раз, возможно, вы не нашли все процессы Indeed-Id, которые влияют на закрытие сессии.   
Данное решение можно использовать и для других приложений, которые работают в фоновом режиме Citrix сессии.

Известные проблемы со сторонним ПО:
При работе с КриптоПро 4.0 CSP и Citrix может потребоваться установка класса защиты КС1 на сервере Citrix, вместо КС2.