1. Проверьте, пожалуйста, значение ServerCacheEnabled в ветке: HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Wow6432Node\Indeed-Id\Server на сервере, где установлена ЕМС. Если оно равно 0, то измените на 1 и проверьте работу EMC. 

2. Windows машины при обращении по https пытаются обратиться к ctldl.windowsupdate.com, если этот адрес недоступен с машины, то происходит ожидание ответа 15-20 секунд, прежде чем запрос прекращается по таймауту и проверка SSL продолжается.
Этот 15-20 секундный запрос какое-то время кешируется и не повторяется при каждом запросе, но при "первом" запросе с этой машины он вновь воспроизводится. 
Здесь можно почитать при эту проблему отдельно: 
https://habr.com/ru/post/306974/
https://docs.microsoft.com/en-us/previous-versions/windows/it-pro/windows-server-2012-R2-and-2012/dn265983(v=ws.11)  Для решения я использовал локальную политику на машине:
Computer Configuration\Windows Settings\Security Settings\Public Key Policies\Certificate Path Validation Settings
Network Retrieval
Отключение Automatically update certificates in the Microsoft Root Certificate Program.