Вопрос: 
Возможно ли задать домен по умолчанию для IIS приложений?

Ответ:
Да, для этого перейдите в раздел реестра: HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Indeed-ID\IISHTTPModule\<Необходимый модуль> и добавьте строковое значение DefaultDomainValue, которое задает домен по умолчанию для приложения, если имя пользователя вводится без домена.
Значение может быть как DNS именем, так и NetBIOS. Это зависит от того, какой logon name используется пользователем для входа.
У данной настройки есть ограничение - ее нельзя использовать с пользователями из разных доменов, входящих одновременно, так как AM их не будет различать между возможными дублями имен в разных доменах.